O Potiguar foi fundado em 11 de fevereiro de 1945, fruto da fusão do Esporte Clube Potiguar e a Sociedade Desportiva Mossoró. Inicialmente, se chamava Associação Desportiva Potiguar. Só depois é que adotou o nome de Associação Cultural e Desportiva Potiguar.

Com essa fusão, o Tenente Edward Monteiro de Medeiros foi o primeiro presidente da história do Alvirrubro. Desde o princípio até os dias atuais, o clube tem como presidentes de honra, José Fernandes Vieira e Jerônimo Vingt Rosado, ambos já falecidos.

Em 1951, o Potiguar viria a conquistar seu primeiro campeonato municipal. Craques como Dequinha (ex-Flamengo e Seleção Brasileira) e Bira (que jogou no futebol Europeu) entre outros, foram os responsáveis pelas primeiras conquistas do clube.

Em 1974, o clube participava pela primeira vez do campeonato estadual, tendo terminado a competição daquele ano como quarto colocado.

O ano de 2004 ficou marcado para a Cidade de Mossoró pela conquista do seu primeiro titulo estadual. Um presente ao povo mossoroense dado pelo Potiguar, que ergueu o troféu após uma final história contra o América. No primeiro jogo, em Mossoró, venceu por 4x0. No jogo final, em Natal, perdeu por 1x0, placar suficiente para garantir-lhe a conquista inédita. Neste campeonato, o Time Macho, como é conhecido no cenário futebolístico, teve também no atacante Canindezinho, o artilheiro da competição, com 14 gols.

Em fevereiro de 2005, quando das comemorações do 60º aniversário do Potiguar, o jornalista e radialista Lupércio Luiz de Azevedo escreveu sobre o clube. Com riqueza de detalhes, destacou não só a história de um dos maiores clubes sociais do estado, mas também de um time nascido para vencer. Foi no livro “Potiguar – 60 anos de glórias e conquistas”.